Mit dem Ziel übertragbare Krankheiten bei Menschen zu verhüten und zu bekämpfen und gesundheitliche Gefahren von der Bevölkerung abzuwehren bearbeitet das HLfGP, Abteilung II Gesundheits- und Infektionsschutz, folgende Aufgaben in fünf Fachbereichen:
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Die Abteilung II berät die Behörden des öffentlichen Gesundheitsdienstes, insbesondere in Fragen des umweltbezogenen Gesundheitsschutzes und in Fragen der Hygiene. In besonderen Situationen unterstützt das HLfGP die Gesundheitsämter vor Ort, z.B. bei Begehungen
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Die Abteilung II führt Laboruntersuchungen durch zur Erkennung von Infektionskrankheiten und im Rahmen der Überwachung von Trinkwasser, Badebeckenwasser und Badegewässern
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Die Abteilung II wertet wissenschaftliche Erkenntnisse aus, erarbeitet Handlungsempfehlungen für die Praxis der Gesundheitsämter und entwickelt Methoden und Verfahren der Qualitätssicherung für den öffentlichen Gesundheitsdienst
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Die Abteilung II führt Ausbruchsuntersuchungen und epidemiologische Untersuchungen durch.